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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
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piRNABank是一个专门用于存储和分享piRNA(Piwi相互作用的RNA)序列信息的数据库。piRNA是一类长度约为24-31nt的非编码小RNA分子,主要在动物生殖细胞中表达,与Piwi蛋白家族成员结合后参与基因沉默过程,对维持基因组稳定性和调控转座子活性具有重要作用。 piRNABank数据库提供了丰富的piRNA序列信息和相关的注释信息,包括piRNA的来源物种、组织类型、测序方法、表达水平等。此外,piRNABank还提供了一些工具和服务,如piRNA序列搜索、比对、注释和下载等功能,以方便研究人员进行piRNA的研究工作。 piRNABank的建立为研究piRNA的功能和机制提供了重要的数据支持,对于深入理解piRNA在生物体内的作用和生物学意义具有重要意义。

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