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转录组
1 转录组数据介绍
1.1 转录组定义
1.2 RNA测序技术
1.2.1 mRNA-seq
1.2.2 long-read RNA-seq
1.3 转录组数据类型和格式
1.3.1 FASTQ文件
1.3.2 BAM/SAM文件
1.3.3 BED/GTF/GFF文件
2 生物信息学基础
2.1 基因组注释
2.2 生物统计学基础
2.3 R语言编程基础
2.4 Python编程基础
3 转录组数据预处理
3.1 转录组数据质量控制
3.1.1 fastQC
3.1.2 MultiQC
3.2 转录组数据剪接和过滤
3.2.1 Trimmomatic
3.2.2 Cutadapt
3.3 转录组数据比对
3.3.1 HISAT2
3.3.2 STAR
3.3.3 Bowtie2
3.4 比对结果评估
3.4.1 Qualimap
3.4.2 RSeQC
4 转录本组装与定量
4.1 转录本组装
4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff
4.1.2 StringTie
4.2 转录本定量
4.2.1 HTSeq-count
4.2.2 featureCounts
4.3 差异表达分析
4.3.1 DESeq2
4.3.2 edgeR
4.3.3 limma-voom
5 功能富集分析
5.1 GO富集分析
5.2 KEGG通路富集分析
5.3 Reactome通路富集分析
6 转录组其他高级分析
6.1 转录组之时间序列分析
6.2 转录组之稳健性分析
6.3 转录组之协作网络分析
6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具
7 转录组实例研究
7.1 已发表论文解析
7.2 自己的数据实践操作
8 转录组数据库资源
8.1 SRA
8.2 GEO
8.3 ArrayExpress
8.4 ENSEMBL
8.5 STRING
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转录组
RNA测序技术
RNA测序技术是一种通过高通量测序技术来分析细胞内RNA分子的技术。它可以帮助科学家了解基因表达水平,发现新的转录本,并且可以研究RNA剪接和翻译过程。这项技术的基本原理是将RNA分子转换成cDNA,然后用高通量测序仪进行测序。
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