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介绍

使用blast软件,RNA序列比对rfam数据库,做RNA注释

输入

rna序列文件: fasta格式,例如 >seqname1 AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA evalue值:用于比对结果的筛选。evalue值越低,结果可信度越高

结果

结果文件格式例如: query_name Hit Evalue Identity AC ID TP DE scaffold334:309-2747 CP019458.1/1873215-1870093 98.116 0.0 RF02541 LSU_rRNA_bacteria rRNA Bacterial large subunit ribosomal RNA scaffold36:67-178 CP003987.1/7242922-7243038 100.000 1.31e-56 RF00001 5S_rRNA rRNA 5S ribosomal RNA scaffold54:141-252 M59346.1/3-119 100.000 1.31e-56 RF00001 5S_rRNA rRNA 5S ribosomal RNA
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