1 [判断题] BLAST算法基本思想是通过先定位精确匹配的序列区作为种子序列
2 [判断题] BLAST结果中E值表示期望值,即在一次数据库搜索中随机条件下期望发生的得分大于等于得分S的不同比对的数目。E与查询序列长度和数据库大小和得分S有关。随着S的增加,E呈指数下降。
3 [判断题] BLAST比对的原始分数是根据选择的计分矩阵和空位罚分值计算得到的。比特分数是对原始分数做归一化处理后得到的分数。不同的比对或不同打分矩阵的比对结果的比特分数是具有可比性
4 [判断题] BLAST的P值是指相同长度的随机序列比对数据库的得分大于等于查询序列比对数据库得分的概率。
5 [判断题] PSI-BLAST是位置特异性迭代BLAST,比常规的BLAST更灵敏,可用于远源相关的蛋白匹配。
6 [判断题] 隐马尔可夫模型具有有广泛应用,例如序列比对、蛋白质结构预测、重复序列预测、基因预测等等。在其他领域也有广泛应用。
7 [判断题] 隐马尔可夫模型包括一系列状态、状态间转移概率。每一状态可以产生可观测到的符号,状态路径是无法看到,根据观测到的符号推测状态转化。计算每种可能产生符号的状态的路径,概率最大的最可能是产生符号的路径。
8 [判断题] 基于burrows-wheeler转换的比对,2种流行的比对工具是bwa和bowtie2
9 [判断题] 通过多序列比对,可以找到序列相对保守区域,可用于功能域或系统发育等分析。
10 [判断题] 主要的多重序列比对的方法有渐进法、迭代法、一致性法和结合结构的方法等
11 [判断题] 物种构成了庞大的生物系统。系统发育是对物种进化关系的推断。系统发育研究除了传统的根据物种的形态学外,可以从分子水平研究。根据基因或蛋白序列的变化,推断物种间的进化关系。
12 [判断题] 基因或蛋白质进化速度差别很大,有的序列碱基或氨基酸替换频繁;有的序列则非常保守,进化的非常缓慢。
13 [判断题] 进化树分有根树和无根树。有根树指定了一个共同的祖先。无根树添加树根可以通过添加外群或从中点定根。
14 [判断题] 物种树是物种进化历史的系统发育树。基因树是用各物种的同源基因的分歧时间构建的树。
15 [判断题] 距离法建树是根据序列间距离建进化树。该方法包括UPGMA法、邻接法(NJ)等等。
16 [判断题] NJ建树大致过程是首先产生一颗完整的星状树,不断寻找并加入邻居,直到一棵树的拓扑结构完成。这种方法原理简单,计算量少,运行快,适合大量的序列建树。
17 [判断题] 最大似然法(ML)建树是目前最灵活的方法之一,但计算复杂耗时。该法对所有可能的系统发育树都计算似然函数,值最大的那棵树即为最可能的系统发育树。
18 [判断题] 最大简约法(MP)主要思想是最优树应该具有尽可能最短的枝长,进化中序列倾向发生尽可能少的改变。故名简约法,即对观察数据给出最简约的解释。
19 [判断题] 贝叶斯法建树是用贝叶斯演绎法预测种系发生史的系统进化分析方法。该方法也计算似然值,类似最大似然法。不同的是贝叶斯推断包括了指定先验信息和后验概率分布的评估,且计算相对较快。
20 [判断题] 对于进化树评估一般使用 Bootstrap检验。通过对数据集多次重复取样,构建多个进化树,通过评估一致性来评估树分枝可信度。