3 [判断题] 为了量化比对的结果。引入计分规则。计分规则包括匹配上一个碱基得多少分，错配罚分，空位罚分。
5 [判断题] PAM是Dayhoff发明的计分矩阵。简称点突变可接受矩阵。后来很多计分模型受到该模型启发发展进化而来。
6 [判断题] PAM10,PAM60,PAM70,PAM250等等打分矩阵对于不同的相似度序列具有不同的敏感性。在实际应用中可能需要使用几种不同的打分矩阵重复比对，从而选择合适的打分矩阵
7 [判断题] BLOSUM矩阵是块替代矩阵。Henikoff使用BLOCKS数据库，从中选取远源相关蛋白保守区域构建的
8 [判断题] BLOSUM矩阵分很多种，常用的BLOSUM62，数字62表示的是矩阵构建时选用序列一致性的阈值是62。数字越大则表示选用的序列相似度越高。
9 [判断题] 高值的BLOSUM矩阵和低值的PAM矩阵适合用来研究高度保守的蛋白。反之，低值的BLOSUM矩阵和高值的PAM矩阵适合用来研究远源相关的蛋白
10 [判断题] 位置特异性计分矩阵（PSSM）是保守区段各位点碱基或氨基酸频率标准化后对数处理得到的矩阵。利用该矩阵，可以获取未知序列中相似的保守区段。
12 [判断题] 全局比对最经典的算法是Needleman和wunsch提出的算法，即Needleman-wunsch算法。
13 [判断题] Needleman-wunsch算法属于动态规划算法，从矩阵数值填充和回溯可看出，每一步都选择了最佳的得分。通过每个单步最佳，得到总的结果最佳。
14 [判断题] Smith-waterman算法是最经典的局部比对算法。该算法是在前面介绍的needleman-wunsch算法改进而来。
15 [判断题] 局部比对和needleman-wunsch类似，也是要构建一个二维矩阵。不同的是局部比对可以从中间某个位置开始比对，所以不存在起始空位罚分情况，所以第一列和第一行的值都为0。
16 [判断题] 与全局比对的needleman-wunsch算法略有不同的是，局部比对的Smith-waterman算法引入分值不为负数的规则。也就是当最大值为负数时，则该方块的得分设为0
17 [判断题] 全局和局部算法的回溯过程也是基本一样的，不同的是全局比对的needleman-wunsch是从右下角回溯到左上角。而局部比对的Smith-waterman算法是从最大值开始，配到得分为0的方块则停止。
19 [判断题] FASTA和BLAST是快速比对数据库的2个算法或工具。FASTA表示FAST-ALL，指的是对蛋白或核酸都有快速比对的能力。BLAST表示Basic Local Alignment Search Tool。
20 [判断题] 启发式比对数据库快速的原因主要是在比对前，先通过扫描数据库发现可能匹配的序列，然后再和可能匹配的序列进行全局或局部比对。这样缩减了没必要的比对。
