2 [判断题] KEGG BRITE是一个层次分类系统的集合,brite层次结构由2-4个字母前缀代码和5位数字组合标识。具体编号代表什么层次结构可查阅https://www.kegg.jp/kegg/brite.html。例如br08601表示的是KEGG物种的层次结构。
3 [判断题] KO系统是基因组注释和KEGG定位的基础。KO(KEGG Orthology)数据库是一个分子功能数据库,以功能直系同源体的形式表示。
4 [判断题] 在KEGG分子网络的背景下,即KEGG通路图、BRITE层次结构和KEGG模块中,手动定义了功能性直系同源。网络的每个节点,例如KEGG路径图中的一个框,都被赋予一个KO标识符(称为K号),作为从特定生物体中实验表征的基因和蛋白质定义的功能直系同源体,然后根据序列相似性将其用于分配其他生物体中的直系同源基因。
5 [判断题] KEGG Module数据库由M编号标识的KEGG模块和RM编号标识的KEGG反应模块组成,它们分别是人工定义的基因集和反应集的功能单元。
6 [判断题] KEGG通路代表了我们对分子相互作用、反应和关系网络的了解,包括7大类:Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Processes、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development
7 [判断题] BlastKOALA和GhostKOALA分别通过BLAST和GHOSTX搜索,针对一组非冗余的KEGG基因,为用户的序列数据分配K个数字。BlastKOALA接受较小的数据集,适合注释高质量的基因组。GhostKOALA接受一个更大的数据集,适合注释宏基因组。
8 [判断题] 基因本体论包含生物学领域知识体系本质的表示形式,本体通常由一组类(或术语或概念)组成,它们之间具有关系。基因本体论(GO)从三个方面(GO domains)描述了我们对生物学领域的了解:1.分子功能 2.细胞组分 3.生物过程
9 [判断题] GO关系中 A is a B,则意味着节点A是节点B的子类型
15 [判断题] FCPD是真菌细胞色素p450数据库,细胞色素P450是一个含血红素的单加氧酶超家族的总称,它参与多种化合物的产生和/或修饰。P450酶不仅参与生物体内重要代谢产物的产生,而且通过改变有害的环境化学物质在适应多种环境中发挥关键作用。真菌栖息于不同的生态位,P450酶已被证明有助于真菌探索不同的生态位。
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