创作中心
反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号:z_gqing
微信二维码:

宏基因组测序数据分析流程-实战

1 宏基因组介绍 2 宏基因组测序数据质控-fastp软件 3 宏基因组测序去除宿主序列 4 宏基因组测序组装 5 宏基因组基因预测 6 非冗余基因集获取 7 基因集丰度 8 宏基因组物种注释 9 宏基因组测序Alpha多样性分析 10 宏基因组测序Beta多样性分析 10.1 PCA 10.2 PCOA 10.3 NMDS 11 LEfSe分析 12 ANOSIM 13 宏基因组测序功能注释 14 宏基因组测序的通路富集分析 15 宏基因组关联研究(MGWAS) 16 群落结构与环境因子的相关性分析
首页 教程 宏基因组测序数据分析流程-实战 PCA
主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)是一种在统计学与机器学习中广泛使用的无监督线性降维技术。其主要目标是通过最大化方差来找到数据中的主要变异方向,并将高维数据投影到低维空间中,同时尽可能保留原始数据集的内在结构和信息。 PCA的工作原理主要包括以下步骤: 1. 数据预处理:首先对数据进行标准化或归一化处理,确保各个特征在同一尺度上,使得PCA不受特征尺度影响。 2. 计算协方差矩阵:通过对样本数据求均值后减去均值向量,得到零均值数据,然后计算这些数据的协方差矩阵。协方差矩阵可以反映出数据各维度之间的相关性。 3. 计算特征值和特征向量:对协方差矩阵进行特征值分解,得到若干个特征值及对应的特征向量。特征值表示了新坐标轴的重要性(即主成分的重要性),而特征向量则指示了新坐标轴的方向。 4. 选择主成分:按照特征值大小排序,选取前k个最大的特征值对应的特征向量,构建新的基。这k个特征向量定义的新空间就是我们要找的k维子空间,也就是数据的主要成分所在的空间。 5. 数据转换:将原始高维数据映射到由前k个特征向量构成的新空间中,从而实现降维。 通过PCA,我们可以将复杂、冗余的数据维度减少,简化模型,提高计算效率,并有助于数据可视化。同时,PCA还能揭示出数据的主要趋势和模式,为后续的数据分析和挖掘提供便利。 运行工具 可参考:https://www.bioinforw.com/ldm/run/statistics/pcapy4/

官方微信
点击收藏 编辑日记
木牛零码 Newmer生信 公司产品 意见反馈 联系我们 关于我们 招合伙-招聘-兼职
Copyright © 2021-2024 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2