宏基因组测序Beta多样性分析是研究微生物群落结构差异的一种统计方法，主要应用于比较不同样本之间的物种组成和丰度的变异程度。在微生物生态学领域中，Alpha多样性描述的是单个环境样品内的生物多样性，而Beta多样性则是指不同样品间的物种多样性和分布差异。 宏基因组测序通过获取环境中所有微生物的DNA序列信息，来揭示其物种组成和功能潜力。在进行Beta多样性分析时，通常会先对测序数据进行质量控制、序列比对、OTU（Operational Taxonomic Units，操作分类单元）聚类或物种注释等预处理步骤，然后计算各样本之间的距离或相似性指数，如Bray-Curtis距离、UniFrac距离、Jaccard相似性系数等。 进一步地，利用主坐标分析（PCA）、非度量多维标度（NMDS）、典型相关分析（CCA）、冗余分析（RDA）或者线性判别分析（LDA）等多元统计方法将这些复杂的Beta多样性数据降维可视化，以直观展示不同样本之间的微生物群落结构差异，并探究这些差异与环境因素、宿主状态等因素之间的关系，从而深入理解微生物群落的动态变化规律及其生态功能。