宏基因组测序Alpha多样性分析是生态学和微生物组研究中的一种重要方法，主要用来评估一个环境（如土壤、水体、人体肠道等）或样本内部的微生物群落多样性。Alpha多样性主要关注的是单个群落内的物种丰富度、均匀度以及多样性指数。

#安装 mothur软件 # $1: 输入丰度表 表格整理成mothur需要的格式输入文件（整理的脚本可与平台联系获取） #各指数计算 mothur.1.30 "#summary.single(shared=otu.shared,groupmode=f,calc=ace-chao-shannon-simpson-coverage)" otu.shared：丰度表整理成的格式文件 calc: 需计算的指数, 各指数用‘-’ 连接 ##结果 #一个样本一个文件 #例如.summary: label ace ace_lci ace_hci chao chao_lci chao_hci shannon shannon_lci shannon_hci simpson simpson_lci simpson_hci coverage 0.97 1462.983040 1401.447341 1540.201837 1491.229299 1408.432999 1601.619468 4.572654 4.556494 4.588815 0.027263 0.026842 0.027684 0.994027