创作中心
反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号:z_gqing
微信二维码:

宏基因组测序数据分析流程-实战

1 宏基因组介绍 2 宏基因组测序数据质控-fastp软件 3 宏基因组测序去除宿主序列 4 宏基因组测序组装 5 宏基因组基因预测 6 非冗余基因集获取 7 基因集丰度 8 宏基因组物种注释 9 宏基因组测序Alpha多样性分析 10 宏基因组测序Beta多样性分析 10.1 PCA 10.2 PCOA 10.3 NMDS 11 LEfSe分析 12 ANOSIM 13 宏基因组测序功能注释 14 宏基因组测序的通路富集分析 15 宏基因组关联研究(MGWAS) 16 群落结构与环境因子的相关性分析
首页 教程 宏基因组测序数据分析流程-实战 宏基因组基因预测
Metagene是一款专门用于基因结构预测和表达谱分析的生物信息学软件。它的核心功能主要包括基因结构预测、转录起始位点(TSS)和转录终止位点(TTS)的识别,以及编码区(CDS)、启动子区域、外显子和内含子等基因元件的定位。 在基因结构预测方面,Metagene通过分析DNA序列特征,比如开放阅读框(ORF)、保守序列模式以及其他已知基因结构特征,来预测潜在的新基因或校正现有基因模型。它能对大规模测序数据如RNA-seq进行深入分析,结合统计学方法和机器学习算法,对转录本的剪接变异形式进行预测和定量分析。 此外,Metagene还能进行基因表达量的定量分析,例如计算基因在不同样本或条件下的转录起始频率和转录效率,从而揭示基因表达调控的动态变化。 总的来说,Metagene是一个强大的工具,不仅能够帮助科研人员准确解析基因组结构,还能对基因表达水平提供深入见解,为后续的功能基因组学研究和分子生物学机制探索奠定了坚实的基础。

运行示例

metagene 输入的组装序列 > metagene.csv

官方微信
点击收藏 编辑日记
木牛零码 Newmer生信 公司产品 意见反馈 联系我们 关于我们 招合伙-招聘-兼职
Copyright © 2021-2024 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2