`fastp`是一款快速、全功能的 Illumina 测序数据质控工具，它能够同时进行PE（paired-end）和SE（single-end） reads的质控，并生成详细的统计报告。以下是一个运行`fastp`软件的基本示例： 假设我们有一对端测序数据（PE reads），文件名为`R1.fastq.gz`和`R2.fastq.gz`，我们想要对其进行质量控制并输出过滤后的reads到新的文件中。 命令行示例如下： ```bash fastp -i R1.fastq.gz -I R2.fastq.gz \ -o clean_R1.fastq.gz -O clean_R2.fastq.gz \ --html report.html \ --json report.json \ --trim_front1 5 --trim_front2 5 \ --length_required 50 \ --thread 4 ``` 命令解释： - `-i` 和 `-I`：分别指定读1和读2的输入文件。 - `-o` 和 `-O`：分别指定读1和读2的输出文件，这里我们将过滤后的reads保存为`clean_R1.fastq.gz`和`clean_R2.fastq.gz`。 - `--html report.html` 和 `--json report.json`：生成HTML和JSON格式的质控报告。 - `--trim_front1 5 --trim_front2 5`：从每条read的5'端去除5个碱基。 - `--length_required 50`：设定保留reads的最小长度为50bp，低于这个长度的reads将被剔除。 - `--thread 4`：使用4个线程进行并行计算以加快处理速度。 运行上述命令后，`fastp`将会执行质量控制步骤，包括去除接头、低质量碱基修剪、过滤短片段等，并将结果输出到指定文件，同时提供可视化的质控报告。