宏基因组测序（Metagenomic Sequencing）是一种对环境、微生物群落或样本中所有微生物的基因组进行同时测序的技术，无需分离和培养单个微生物种群。然而，在许多情况下，尤其是人体、动物或植物等宿主相关的宏基因组研究中，宿主细胞的DNA含量通常远高于微生物DNA，这会对微生物群落的研究造成干扰。
去除宿主序列的过程在宏基因组数据分析中显得尤为重要，其主要目的是减少背景噪音，突出真正的微生物信号，提高后续分析的有效性和准确性。具体步骤如下：
1. **宿主序列比对**：首先利用已知的宿主参考基因组，通过高性能计算和生物信息学工具（如Bowtie2, BWA等），将测序得到的所有reads与宿主基因组进行比对。比对上的reads就被认为是宿主来源的序列。
2. **去除宿主匹配序列**：比对结果出来后，会筛选出那些与宿主基因组高度相似或者完全匹配的reads，然后从原始数据集中移除这些reads，只保留非宿主来源的reads。
3. **宿主序列扣除软件**：现在也有专门针对宏基因组测序数据设计的扣除宿主序列的软件工具，例如DeconSeq、Kraken、Khmer等，它们可以高效准确地从混杂的数据中过滤掉宿主序列。
4. **深度学习预测**：随着技术的发展，一些深度学习模型也被应用于区分宿主和非宿主序列，通过对序列特征的学习，实现更精准的宿主序列去除。
通过上述方法去除宿主序列后，剩余的序列将主要用于进一步的微生物多样性分析、功能基因挖掘以及微生物与宿主相互作用关系的研究等。
bowtie2软件去宿主
将序列比对到参考基因组上，没有比对到的序列整合成新文件就是去宿主后的序列
运行示例：
bowtie2 -p 32 -x ref_db -1 in_1.fq.gz
-2 in_2.fq.gz -S out.sam --un-conc out.fq --very-sensitive
