测序微生物多样性分析流程

1 微生物多样性测序技术概述 1.1 微生物多样性测序的不同测序平台介绍（如Illumina、 PacBio、 Nanopore） 1.2 微生物多样性测序的测序策略选择（16S rRNA、ITS、宏基因组等） 2 微生物多样性测序的实验设计与样本采集 2.1 微生物多样性测序的样本来源和类型确定 2.2 微生物多样性测序的样本收集、保存与运输的方法 2.3 DNA/RNA提取方法及其对微生物多样性的影响 3 PCR扩增与文库构建 3.1 微生物多样性测序的目标区域（如16S rRNA V4区）的选择与引物设计 3.2 PCR反应体系及条件优化 3.3 微生物多样性测序的文库构建流程与质量控制 3.4 微生物多样性测序的测序接头的添加与barcode标记 4 高通量测序与数据产出 4.1 微生物多样性测序的测序平台操作与实验流程 4.2 微生物多样性测序的数据质量评估与过滤标准 4.3 微生物多样性测序的原始序列读长、覆盖率等基本统计分析 5 微生物多样性测序的生物信息学数据分析 5.1 微生物多样性测序的序列拼接与质量控制 5.2 OTU（Operational Taxonomic Units）聚类与物种注释 5.3 α多样性指数计算（如Chao1、Shannon指数等） 5.4 β多样性分析（如PCA、PCoA、NMDS， UniFrac或 Bray-Curtis距离） 5.5 群落结构差异性检验（如ANOSIM、PERMANOVA等） 5.6 功能预测（如基于PICRUSt、Tax4Fun等工具进行KEGG功能注释与富集分析） 6 微生物多样性测序的结果解读与可视化 6.1 微生物群落结构特征总结 6.2 特征菌群与环境/疾病关联性分析 7 微生物生态网络构建与核心微生物鉴定 7.1 Co-occurrence网络构建与分析 7.2 核心微生物识别及其功能探究 8 微生物多样性测序的报告撰写与研究成果发表 8.1 微生物多样性测序的科研报告结构与内容组织 8.2 微生物多样性测序的数据共享与科研诚信原则 8.3 微生物多样性测序的学术论文写作与投稿指南