微生物多样性测序，主要是通过高通量测序技术对环境、人体或动植物体内的微生物群体基因组进行测序分析，以揭示其物种组成、功能潜力及群落结构等信息。原始序列读长、覆盖率等是评估测序数据质量与深度的重要指标。 1. 原始序列读长（Read Length）：在测序过程中，每一条序列被称为一个“read”，原始序列读长是指单个测序反应产生的序列片段的长度。对于微生物多样性测序，通常采用Illumina、Ion Torrent等平台进行二代测序，其读长一般在150bp-300bp左右。读长的长短直接影响到后期拼接组装的效果以及物种鉴定和功能注释的准确性，较长的读长有助于提高微生物种属水平的分辨率。 2. 覆盖率（Coverage）：指测序数据覆盖目标基因组的平均次数，或者对于宏基因组研究来说，是测序数据覆盖样本中微生物总基因组的平均次数。足够的覆盖率可以确保检测到低丰度微生物，并且能有效减少测序误差带来的影响，提高数据分析的可靠性。在微生物多样性测序中，通常需要达到较高的覆盖率（如几十倍甚至上百倍），以全面反映样本中的微生物多样性信息。 除此之外，还会涉及到其他基本统计分析，例如序列质量分布、GC含量分布、序列过滤后的数据量、OTU（Operational Taxonomic Unit）的数量和分布、Chao1指数、Shannon指数等，这些都是评估微生物多样性测序数据质量及推断样品中微生物丰富度和均匀度的重要参数。