微生物多样性测序是一种通过高通量测序技术来研究环境、人体、动植物体内外微生物群落结构和功能多样性的方法。样本来源广泛，主要包括以下几类： 1. 环境样本：包括土壤、水体（海洋、淡水、地下水等）、空气、极端环境（如热泉、盐湖、极地等）以及各种生态系统的沉积物等。这些样本中的微生物对于环境的物质循环、能量流动起着至关重要的作用，同时也能反映环境污染状况及生态修复进程。 2. 人体样本：包括肠道、口腔、皮肤、呼吸道等部位的微生物样本，它们构成了人体微生物组，与人体健康、疾病发生发展关系密切。例如，肠道微生物在免疫调节、营养代谢等方面发挥重要作用，其失调可能与肥胖症、糖尿病、炎症性肠病等多种疾病相关。 3. 动植物样本：动物的肠道、皮肤、口腔、生殖道等部位，植物的根际土壤、叶片表面、果实内部等处都存在丰富的微生物群体。这些微生物在动植物生长发育、抵抗病害、改善土壤肥力等方面具有重要作用。 4. 食品样本：如乳制品、发酵食品、肉类及其制品、果蔬等，其中的微生物对食品品质、安全性及营养价值有直接影响。 确定样本类型时，需要根据研究目标进行选择。例如，若研究人体健康与微生物的关系，则可能需要采集肠道微生物样本；若是评估环境污染或生态修复效果，则可能要关注土壤或水体微生物；而对于农业生产和食品安全领域，可能更侧重于动植物组织或食品样品中微生物的研究。