1. Illumina测序平台： Illumina是目前广泛应用的高通量测序技术平台，以其极高的测序深度和准确性著称。其核心技术为边合成边测序（Sequencing by Synthesis, SBS）和桥式PCR扩增（Bridge Amplification）。在微生物多样性研究中，Illumina平台常用于16S rRNA基因或ITS区域等靶向测序，通过分析序列变异来推断样本中的微生物组成及丰度。此外，对于宏基因组测序，Illumina平台可以提供数以百万计的短读长序列，虽然单个读长较短（通常150bp-300bp），但凭借其高覆盖度和低错误率，非常适合大规模微生物群落结构和功能解析。 2. PacBio测序平台： PacBio测序平台采用的是单分子实时测序（Single Molecule, Real-Time Sequencing, SMRT）技术，其特点是产出超长读长序列（平均读长可达10Kb以上），能够跨越复杂的重复序列和结构区域，因此在微生物全基因组测序、复杂微生物混合样本的宏基因组测序以及全长16S rRNA基因测序等方面具有优势。尽管数据错误率相对较高，但通过CCS（Circular Consensus Sequencing）策略，能有效提高序列准确度，从而更全面地揭示微生物多样性和系统发育信息。 3. Nanopore测序平台： Nanopore测序技术由Oxford Nanopore Technologies公司开发，是一种新型的单分子直接测序技术。它的工作原理是基于生物纳米孔传感器对核酸链上单个碱基的电流信号变化进行实时监测。该平台的最大特色在于能够产出超长读长序列（理论上无长度限制，实际一般在几千到几十万碱基），同时设备小巧便携，实现实时测序。在微生物多样性研究中，Nanopore测序可实现快速完整的微生物基因组测序，并且适用于病原体检测、环境微生物调查等多种场景。然而，由于其原始数据错误率相对较高，需要配合相应的生物信息学方法进行纠错和分析。