细菌基因组测序数据分析流程

1 细菌基因组测序介绍 2 基因组测序原始数据 3 基因组测序数据质控 3.1 fastp质控 4 基因组测序数据组装 4.1 Soapdenovo软件组装 5 基因组基因预测 5.1 glimmer软件基因预测 5.2 Prodigal软件基因预测 6 基因组rRna预测 7 基因组tRNA预测 8 基因组重复序列预测 9 基因功能注释 9.1 基因NR注释 9.2 基因的KEGG注释 9.3 基因的NOG注释 10 基因的VFDB注释 11 基因的CARD注释 12 基因的CAZY注释 13 前噬菌体序列预测 14 Crispcas序列预测 15 基因岛序列预测 16 基因组插入序列预测 17 antismash做次级代谢产物 18 基因组中整合子序列预测 19 基因组测序的甲基化分析 20 circos圈图 21 cgview圈图