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单细胞转录组测序

1 单细胞转录组测序概述 1.1 单细胞转录组测序的定义和原理 1.2 单细胞转录组测序的应用领域 1.3 单细胞转录组测序的优势和挑战 2 单细胞分离技术 2.1 流式细胞术 2.2 微流控技术 2.3 激光捕获显微切割技术 2.4 其他单细胞分离技术 3 单细胞RNA测序技术 3.1 SMART-seq技术 3.2 Drop-seq技术 3.3 MARS-seq技术 3.4 其他单细胞RNA测序技术 4 单细胞数据处理流程 4.1 单细胞数据质量控制 4.2 转录本比对与定量 4.3 细胞质性过滤 4.4 单细胞数据标准化与归一化 4.5 分析差异表达基因 5 单细胞聚类分析 5.1 单细胞基于距离的聚类方法 5.2 单细胞基于密度的聚类方法 5.3 单细胞基于模型的聚类方法 5.4 单细胞聚类结果评估与可视化 6 单细胞轨迹分析 6.1 基于伪时间推移的轨迹构建 6.2 Monocle算法 6.3 Wanderlust算法 6.4 SCUBA算法 7 单细胞功能注释与通路富集分析 7.1 GO功能注释 7.2 KEGG通路富集分析 7.3 Reactome通路富集分析 8 单细胞数据分析工具介绍 8.1 Seurat 8.2 Scanpy 9 单细胞转录组测序案例分析 9.1 单细胞转录组测序在神经科学应用案例 9.2 单细胞转录组测序在癌症研究应用案例 9.3 单细胞转录组测序在免疫学应用案例 10 单细胞转录组测序未来发展趋势 10.1 单细胞转录组测序技术创新方向 10.2 单细胞转录组测序应用领域拓展 10.3 单细胞转录组测序数据共享与整合
首页 教程 单细胞转录组测序 SCUBA算法
SCUBA(Sequential Coverage-Uncertainty Budget Allocation)算法是一种用于处理大规模、高维度数据的主动学习方法。它通过有效地分配预算来选择最有价值的数据进行标注,从而减少对大量数据的人工标注工作。 SCUBA算法的基本流程如下: 1. 初始化:首先,从整个数据集中随机选择一小部分样本进行人工标注,并将这些样本作为初始训练集。 2. 训练模型:使用初始训练集训练一个机器学习模型。 3. 预测和不确定性评估:用训练好的模型对未标注数据进行预测,并计算每个样本的不确定性。不确定性通常可以通过模型的预测概率或熵来衡量。 4. 预测覆盖度评估:计算每个样本的预测覆盖度,即该样本的预测结果在已有的标注数据中的覆盖率。如果一个样本的预测结果在已有的标注数据中没有出现过,那么它的预测覆盖度就为0。 5. 预算分配:根据每个样本的不确定性得分和预测覆盖度,分配预算给每个样本。预算的分配策略是使总的不确定性减小和总的预测覆盖度增大。 6. 标注和更新:根据预算分配的结果,选择一部分样本进行人工标注,然后将这些新的标注数据加入到训练集中,更新模型。 7. 重复步骤2-6,直到达到预设的迭代次数或者预算用完为止。 SCUBA算法的主要优点是能够有效地利用有限的标注预算,选择最有价值的数据进行标注,从而提高模型的性能。同时,由于它考虑了预测覆盖度,因此可以避免过度关注某些特定的样本类别,使得模型的学习更加全面。

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