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单细胞转录组测序

1 单细胞转录组测序概述 1.1 单细胞转录组测序的定义和原理 1.2 单细胞转录组测序的应用领域 1.3 单细胞转录组测序的优势和挑战 2 单细胞分离技术 2.1 流式细胞术 2.2 微流控技术 2.3 激光捕获显微切割技术 2.4 其他单细胞分离技术 3 单细胞RNA测序技术 3.1 SMART-seq技术 3.2 Drop-seq技术 3.3 MARS-seq技术 3.4 其他单细胞RNA测序技术 4 单细胞数据处理流程 4.1 单细胞数据质量控制 4.2 转录本比对与定量 4.3 细胞质性过滤 4.4 单细胞数据标准化与归一化 4.5 分析差异表达基因 5 单细胞聚类分析 5.1 单细胞基于距离的聚类方法 5.2 单细胞基于密度的聚类方法 5.3 单细胞基于模型的聚类方法 5.4 单细胞聚类结果评估与可视化 6 单细胞轨迹分析 6.1 基于伪时间推移的轨迹构建 6.2 Monocle算法 6.3 Wanderlust算法 6.4 SCUBA算法 7 单细胞功能注释与通路富集分析 7.1 GO功能注释 7.2 KEGG通路富集分析 7.3 Reactome通路富集分析 8 单细胞数据分析工具介绍 8.1 Seurat 8.2 Scanpy 9 单细胞转录组测序案例分析 9.1 单细胞转录组测序在神经科学应用案例 9.2 单细胞转录组测序在癌症研究应用案例 9.3 单细胞转录组测序在免疫学应用案例 10 单细胞转录组测序未来发展趋势 10.1 单细胞转录组测序技术创新方向 10.2 单细胞转录组测序应用领域拓展 10.3 单细胞转录组测序数据共享与整合
首页 教程 单细胞转录组测序 Wanderlust算法
Wanderlust算法是一种基于图的聚类方法,主要用于空间数据的分析和处理。该算法由Pierre Vandergheynst等人在2011年提出,主要应用于大脑神经网络的分析、图像分割等领域。 Wanderlust算法的基本思想是将数据点看作图中的节点,通过计算节点之间的相似性(距离)来构建图,然后利用随机游走的方法在图中进行探索,最终得到各个节点的聚类结果。 具体来说,Wanderlust算法的步骤如下: 1. 计算节点之间的相似性:首先,需要定义一个度量节点之间相似性的函数,例如欧氏距离、余弦相似度等。然后,根据这个函数计算出所有节点之间的相似性。 2. 构建图:将所有的节点和它们之间的相似性构成一个图,其中节点表示数据点,边的权重表示节点之间的相似性。 3. 随机游走:从图中的任意一个节点开始,按照一定的概率随机地选择相邻的节点进行移动。这个概率与当前节点和相邻节点之间的相似性有关,相似性越大,被选中的概率就越高。 4. 计算节点的聚类分数:在随机游走的过程中,每个节点都会被访问到一定的次数。这些次数可以看作是节点的“吸引力”,反映了节点在图中的重要程度。因此,可以将节点被访问的次数作为其聚类分数。 5. 聚类:最后,可以根据节点的聚类分数对节点进行聚类。通常情况下,会选择聚类分数较高的节点作为聚类中心,然后将其他节点分配到最近的聚类中心所在的类别中。 总的来说,Wanderlust算法通过模拟随机游走的过程,能够在复杂的空间数据中发现隐藏的结构和模式,从而实现有效的聚类。

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