转录本比对与定量是生物信息学中的重要步骤，主要应用于RNA测序（RNA-seq）数据分析中。在RNA-seq实验中，我们首先提取细胞或组织的总RNA，然后通过反转录和PCR扩增等步骤，将RNA转化为可以进行高通量测序的cDNA文库。测序完成后，我们会得到大量的短序列reads，这些reads需要被比对到参考基因组上，才能进一步进行基因表达定量和差异分析。
1. 转录本比对：这个过程主要是将测序得到的短序列reads比对到参考基因组上。常用的比对软件有Bowtie、BWA、STAR等。在这个过程中，我们需要考虑read的质量、比对的精度和速度等因素。此外，由于RNA-seq数据可能存在剪接变异、可变剪接等问题，因此选择能够处理这些问题的比对软件也非常重要。
2. 定量：比对完成后，我们需要对每个基因的表达量进行定量。这个过程主要包括两个步骤：计算每个基因的覆盖度（coverage）和使用某些统计模型估计每个基因的表达水平。常用的定量工具包括HTSeq、featureCounts、Cufflinks等。
总的来说，转录本比对与定量是RNA-seq数据分析的重要步骤，它们可以帮助我们了解基因的表达情况，从而揭示生物学现象的本质。
