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单细胞转录组测序

1 单细胞转录组测序概述 1.1 单细胞转录组测序的定义和原理 1.2 单细胞转录组测序的应用领域 1.3 单细胞转录组测序的优势和挑战 2 单细胞分离技术 2.1 流式细胞术 2.2 微流控技术 2.3 激光捕获显微切割技术 2.4 其他单细胞分离技术 3 单细胞RNA测序技术 3.1 SMART-seq技术 3.2 Drop-seq技术 3.3 MARS-seq技术 3.4 其他单细胞RNA测序技术 4 单细胞数据处理流程 4.1 单细胞数据质量控制 4.2 转录本比对与定量 4.3 细胞质性过滤 4.4 单细胞数据标准化与归一化 4.5 分析差异表达基因 5 单细胞聚类分析 5.1 单细胞基于距离的聚类方法 5.2 单细胞基于密度的聚类方法 5.3 单细胞基于模型的聚类方法 5.4 单细胞聚类结果评估与可视化 6 单细胞轨迹分析 6.1 基于伪时间推移的轨迹构建 6.2 Monocle算法 6.3 Wanderlust算法 6.4 SCUBA算法 7 单细胞功能注释与通路富集分析 7.1 GO功能注释 7.2 KEGG通路富集分析 7.3 Reactome通路富集分析 8 单细胞数据分析工具介绍 8.1 Seurat 8.2 Scanpy 9 单细胞转录组测序案例分析 9.1 单细胞转录组测序在神经科学应用案例 9.2 单细胞转录组测序在癌症研究应用案例 9.3 单细胞转录组测序在免疫学应用案例 10 单细胞转录组测序未来发展趋势 10.1 单细胞转录组测序技术创新方向 10.2 单细胞转录组测序应用领域拓展 10.3 单细胞转录组测序数据共享与整合
首页 教程 单细胞转录组测序 其他单细胞RNA测序技术
单细胞RNA测序技术是近年来发展起来的一种高通量测序技术,它可以在单个细胞水平上解析基因表达谱,为研究细胞异质性、发育分化、疾病发生机制等提供了强大的工具。除了主流的10x Genomics单细胞RNA测序技术外,还有一些其他的单细胞RNA测序技术。 1. Fluidigm C1系统:这是一种基于微流控芯片的单细胞RNA测序技术。通过捕获和固定单个细胞在独立的反应室中,然后进行mRNA反转录和cDNA扩增,最后进行高通量测序。C1系统具有高精度和灵活性,可以处理不同类型的细胞样本,但其通量相对较低。 2. BD Rhapsody系统:这是一个基于微珠的单细胞RNA测序平台。该系统使用抗体包被的微珠捕获单个细胞,并将mRNA逆转录成cDNA,然后进行标记和测序。BD Rhapsody系统具有较高的灵敏度和准确性,适用于研究罕见细胞类型或低表达基因。 3. Drop-seq和inDrop技术:这两种技术都是基于液滴微流控的单细胞RNA测序方法。它们将单个细胞和含有条形码的 beads 混合在一起,在微流控芯片中形成油包裹的水滴(droplets),每个水滴内只包含一个细胞和多个beads。在水滴内进行mRNA逆转录和cDNA扩增后,收集所有水滴中的cDNA并进行高通量测序。这些技术具有高通量、低成本的优点,但可能面临捕获效率和数据质量的问题。 4. Seq-Well和STRT-seq技术:这些技术也是基于微孔板的单细胞RNA测序方法。它们使用预先装载有捕获寡核苷酸的微孔板来捕获和固定单个细胞,然后进行mRNA逆转录和cDNA扩增。这些技术具有简单、快速和成本效益高的特点,但可能需要优化实验条件以提高捕获效率和数据质量。 总的来说,不同的单细胞RNA测序技术各有优缺点,选择哪种技术取决于具体的实验需求和资源限制。随着技术的不断发展和完善,单细胞RNA测序将在生物学和医学研究中发挥越来越重要的作用。

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