MARS-seq,全称为Multiplexed Analysis of RNASeq,是一种高通量测序技术,主要用于同时分析大量样本的基因表达水平。这种技术的主要优势在于其能够在一次实验中处理大量的样本,从而大大提高了效率和降低了成本。
MARS-seq的基本原理是通过将不同的分子标签(barcodes)附加到每个样本的RNA分子上,然后将所有样本的RNA混合在一起进行测序。在测序过程中,这些标签可以用来区分来自不同样本的RNA分子,从而实现对多个样本的同时分析。
具体来说,MARS-seq的实验流程主要包括以下几个步骤:
1. 样本准备:首先需要收集并处理待测样本,通常包括细胞或组织样本。
2. 标记RNA:使用特异性的寡核苷酸探针将不同的分子标签附着到每个样本的RNA分子上。
3. RNA纯化和打断:将标记后的RNA进行纯化,并打断成适合测序的小片段。
4. 文库构建:将打断后的RNA片段连接上测序接头,并进行PCR扩增,以增加测序信号。
5. 测序:将构建好的文库进行高通量测序,获取原始数据。
6. 数据分析:利用专门的生物信息学软件对测序数据进行分析,包括质量控制、比对、定量等步骤,最终得到各个样本的基因表达谱。
总的来说,MARS-seq是一种非常强大和灵活的技术,不仅可以用于基础科学研究,也可以应用于临床诊断和药物研发等领域。
3.4 Chromium Single Cell 3' Solution
Chromium Single Cell 3' Solution 是一种由10x Genomics公司开发的单细胞测序技术。该技术的主要目标是通过高通量的方法对单个细胞进行基因表达分析。
这种技术的工作原理是首先将大量单个细胞捕获在微流体反应器中,然后在每个细胞内添加一个唯一的barcode(条形码),这个barcode会在后续的测序过程中用于区分不同的细胞。接下来,每个细胞内的mRNA(信使RNA)被反转录成cDNA(互补DNA),并在cDNA上添加第二个barcode和UMI(Unique Molecular Identifier,独特分子标识符)。这样,即使来自同一个mRNA的多个cDNA拷贝也能被正确地计数为一个。
最后,所有的cDNA被混合在一起,并进行测序。通过对测序数据的分析,我们可以知道每个barcode对应的是哪个细胞,以及这个细胞中哪些基因被表达了,表达量是多少。这样,我们就可以得到每个细胞的基因表达谱,进而研究细胞之间的差异和异质性。
总的来说,Chromium Single Cell 3' Solution提供了一种强大的工具,可以帮助科学家们深入理解复杂的生物学系统,如肿瘤、免疫系统和发育过程等。