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单细胞转录组测序

1 单细胞转录组测序概述 1.1 单细胞转录组测序的定义和原理 1.2 单细胞转录组测序的应用领域 1.3 单细胞转录组测序的优势和挑战 2 单细胞分离技术 2.1 流式细胞术 2.2 微流控技术 2.3 激光捕获显微切割技术 2.4 其他单细胞分离技术 3 单细胞RNA测序技术 3.1 SMART-seq技术 3.2 Drop-seq技术 3.3 MARS-seq技术 3.4 其他单细胞RNA测序技术 4 单细胞数据处理流程 4.1 单细胞数据质量控制 4.2 转录本比对与定量 4.3 细胞质性过滤 4.4 单细胞数据标准化与归一化 4.5 分析差异表达基因 5 单细胞聚类分析 5.1 单细胞基于距离的聚类方法 5.2 单细胞基于密度的聚类方法 5.3 单细胞基于模型的聚类方法 5.4 单细胞聚类结果评估与可视化 6 单细胞轨迹分析 6.1 基于伪时间推移的轨迹构建 6.2 Monocle算法 6.3 Wanderlust算法 6.4 SCUBA算法 7 单细胞功能注释与通路富集分析 7.1 GO功能注释 7.2 KEGG通路富集分析 7.3 Reactome通路富集分析 8 单细胞数据分析工具介绍 8.1 Seurat 8.2 Scanpy 9 单细胞转录组测序案例分析 9.1 单细胞转录组测序在神经科学应用案例 9.2 单细胞转录组测序在癌症研究应用案例 9.3 单细胞转录组测序在免疫学应用案例 10 单细胞转录组测序未来发展趋势 10.1 单细胞转录组测序技术创新方向 10.2 单细胞转录组测序应用领域拓展 10.3 单细胞转录组测序数据共享与整合
首页 教程 单细胞转录组测序 Drop-seq技术
Drop-seq是一种高通量单细胞测序技术,由哈佛大学和博德研究所的研究人员在2015年开发。这项技术的出现极大地推动了单细胞生物学研究的发展。 Drop-seq的基本原理是将单个细胞与包含特定序列的珠子(beads)一起包裹在微流体液滴中。这些珠子上附着有能与mRNA分子特异结合的引物。在每个液滴中,细胞被裂解,其mRNA分子被释放并结合到珠子上的引物上。然后,通过逆转录反应,将mRNA转化为cDNA。最后,通过对cDNA进行测序,可以得到每个细胞的基因表达谱。 Drop-seq技术的最大优点是能够同时对大量的单细胞进行测序,大大提高了实验效率。此外,由于每个细胞都被单独包裹在液滴中,因此可以避免细胞间的干扰,提高数据的准确性。 然而,Drop-seq也存在一些缺点。例如,由于每个液滴只能包裹一个细胞和一个珠子,因此对于某些稀有的细胞类型,可能会因为样本量不足而无法检测到。此外,由于液滴制备过程中的随机性,可能会导致某些液滴中没有细胞或者有多于一个细胞的情况,这也会影响数据的质量。 总的来说,尽管有一些局限性,但Drop-seq技术仍然是目前最常用的单细胞测序技术之一,已经在许多领域,如发育生物学、免疫学、肿瘤学等,发挥了重要作用。

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