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单细胞转录组测序

1 单细胞转录组测序概述 1.1 单细胞转录组测序的定义和原理 1.2 单细胞转录组测序的应用领域 1.3 单细胞转录组测序的优势和挑战 2 单细胞分离技术 2.1 流式细胞术 2.2 微流控技术 2.3 激光捕获显微切割技术 2.4 其他单细胞分离技术 3 单细胞RNA测序技术 3.1 SMART-seq技术 3.2 Drop-seq技术 3.3 MARS-seq技术 3.4 其他单细胞RNA测序技术 4 单细胞数据处理流程 4.1 单细胞数据质量控制 4.2 转录本比对与定量 4.3 细胞质性过滤 4.4 单细胞数据标准化与归一化 4.5 分析差异表达基因 5 单细胞聚类分析 5.1 单细胞基于距离的聚类方法 5.2 单细胞基于密度的聚类方法 5.3 单细胞基于模型的聚类方法 5.4 单细胞聚类结果评估与可视化 6 单细胞轨迹分析 6.1 基于伪时间推移的轨迹构建 6.2 Monocle算法 6.3 Wanderlust算法 6.4 SCUBA算法 7 单细胞功能注释与通路富集分析 7.1 GO功能注释 7.2 KEGG通路富集分析 7.3 Reactome通路富集分析 8 单细胞数据分析工具介绍 8.1 Seurat 8.2 Scanpy 9 单细胞转录组测序案例分析 9.1 单细胞转录组测序在神经科学应用案例 9.2 单细胞转录组测序在癌症研究应用案例 9.3 单细胞转录组测序在免疫学应用案例 10 单细胞转录组测序未来发展趋势 10.1 单细胞转录组测序技术创新方向 10.2 单细胞转录组测序应用领域拓展 10.3 单细胞转录组测序数据共享与整合
首页 教程 单细胞转录组测序 SMART-seq技术
SMART-seq技术是一种单细胞RNA测序技术,主要用于研究单个细胞的基因表达情况。该技术的主要优点是可以获得全转录组的信息,而且灵敏度高,可以检测到低丰度的基因。 SMART-seq技术的具体步骤如下: 1. 单细胞分离:首先需要将组织或细胞群体分散成单个细胞。这通常通过显微操作、流式细胞术或者微流控技术来实现。 2. cDNA合成:然后在每个单细胞中进行反转录,将mRNA转化为cDNA。在这个过程中,使用了SMART(Switching Mechanism at 5' End of RNA Template)技术,可以在cDNA的5'端添加一个通用序列,这样所有的cDNA就可以共享一个引物位点,方便后续的PCR扩增。 3. PCR扩增:接着对cDNA进行PCR扩增,以得到足够的产物用于测序。 4. 文库构建:然后将扩增后的cDNA打断,接上测序接头,形成测序文库。 5. 测序:最后将文库进行高通量测序,获取每个细胞的基因表达信息。 总的来说,SMART-seq技术提供了一种强大的工具,可以帮助科学家们深入理解单个细胞的基因表达模式和调控机制,对于复杂生物系统的理解和疾病的研究具有重要的意义。

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