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单细胞转录组测序

1 单细胞转录组测序概述 1.1 单细胞转录组测序的定义和原理 1.2 单细胞转录组测序的应用领域 1.3 单细胞转录组测序的优势和挑战 2 单细胞分离技术 2.1 流式细胞术 2.2 微流控技术 2.3 激光捕获显微切割技术 2.4 其他单细胞分离技术 3 单细胞RNA测序技术 3.1 SMART-seq技术 3.2 Drop-seq技术 3.3 MARS-seq技术 3.4 其他单细胞RNA测序技术 4 单细胞数据处理流程 4.1 单细胞数据质量控制 4.2 转录本比对与定量 4.3 细胞质性过滤 4.4 单细胞数据标准化与归一化 4.5 分析差异表达基因 5 单细胞聚类分析 5.1 单细胞基于距离的聚类方法 5.2 单细胞基于密度的聚类方法 5.3 单细胞基于模型的聚类方法 5.4 单细胞聚类结果评估与可视化 6 单细胞轨迹分析 6.1 基于伪时间推移的轨迹构建 6.2 Monocle算法 6.3 Wanderlust算法 6.4 SCUBA算法 7 单细胞功能注释与通路富集分析 7.1 GO功能注释 7.2 KEGG通路富集分析 7.3 Reactome通路富集分析 8 单细胞数据分析工具介绍 8.1 Seurat 8.2 Scanpy 9 单细胞转录组测序案例分析 9.1 单细胞转录组测序在神经科学应用案例 9.2 单细胞转录组测序在癌症研究应用案例 9.3 单细胞转录组测序在免疫学应用案例 10 单细胞转录组测序未来发展趋势 10.1 单细胞转录组测序技术创新方向 10.2 单细胞转录组测序应用领域拓展 10.3 单细胞转录组测序数据共享与整合
首页 教程 单细胞转录组测序 单细胞转录组测序的定义和原理
单细胞转录组测序是一种用于分析单个细胞基因表达的技术。它通过高通量测序技术,对单个细胞的mRNA进行测序,以获取每个细胞中基因表达的信息。 原理上,单细胞转录组测序主要包括以下几个步骤: 1. 单细胞分离:首先需要将复杂的细胞群体分离成单个细胞,这通常通过显微操作、流式细胞术或者微流控技术实现。 2. mRNA捕获和逆转录:然后,从每个单一细胞中提取mRNA,并通过逆转录酶将其转化为cDNA(互补DNA)。 3. cDNA扩增和标签:由于单个细胞中的mRNA含量非常低,因此需要对其进行PCR扩增,同时在扩增过程中添加特定的标签,以便后续的测序和数据分析。 4. 测序:最后,将扩增后的cDNA片段连接到测序接头上,通过高通量测序仪进行测序。 5. 数据分析:通过对测序数据的比对和统计分析,可以得到每个细胞中各个基因的表达水平,从而揭示不同细胞间的异质性以及细胞状态和功能的变化。 单细胞转录组测序为研究细胞之间的异质性提供了可能,尤其在复杂组织或肿瘤等高度异质性的样本中,可以深入揭示细胞间的差异和相互作用,对于理解生命过程、疾病发生发展机制等方面具有重要的意义。

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