原核生物的基因表达调控机制主要包括负控和正控两种方式。
1. 负控：也被称为阻遏调控，是指在没有特定诱导物存在的情况下，某些基因被抑制而不进行表达。例如，大肠杆菌中乳糖操纵子的调控就是典型的负控例子。在乳糖操纵子中，当乳糖不存在时，乳糖阻遏蛋白会与操纵序列结合，阻止RNA聚合酶对结构基因的转录，从而抑制了乳糖利用相关基因的表达。只有当乳糖存在并与其结合后，才能解除阻遏蛋白对操纵序列的抑制，使RNA聚合酶能够转录结构基因，实现基因的表达。
2. 正控：也被称为激活调控，是指在特定诱导物存在的情况下，某些基因会被激活而进行表达。例如，色氨酸操纵子的调控就是一个正控的例子。在色氨酸操纵子中，当细胞内色氨酸浓度足够高时，色氨酸会与色氨酸阻遏因子结合，使其构象改变，不再能与操纵序列结合，从而允许RNA聚合酶进行转录，使得色氨酸合成的相关基因得以表达。
这两种调控方式都是通过特定的调节蛋白（如阻遏蛋白或激活蛋白）与DNA上的特定区域（如启动子或操纵子）相互作用来实现的，以此来精确控制基因的表达，以适应环境的变化。
