生物信息学数据库是存储和管理生物数据的重要工具,包括基因组序列、蛋白质结构、基因表达数据、分子相互作用等。以下是常用的生物信息学数据库:
1. NCBI(National Center for Biotechnology Information):由美国国立卫生研究院下属的国家医学图书馆维护,提供大量的生物信息资源,包括GenBank(基因序列数据库)、PubMed(生物医学文献数据库)、OMIM(人类孟德尔遗传病数据库)等。
2. Ensembl:由欧洲生物信息研究所和威康信托基金会桑格研究所共同维护,提供了大量基因组注释信息和比较基因组学数据。
3. UCSC(University of California, Santa Cruz)基因组浏览器:提供了多个物种的基因组序列和注释信息,并且有强大的可视化功能。
4. Protein Data Bank(PDB):是全球最大的三维生物大分子结构数据库,包含了蛋白质、核酸、复合物等多种类型的结构数据。
5. KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes):除了提供基因和蛋白质信息外,还提供了丰富的代谢通路和信号转导通路信息。
6. Reactome:是一个详细描述细胞生物学过程的数据库,如信号转导、细胞周期调控、代谢等。
7. STRING:是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据库,包含了实验验证和预测的相互作用信息。
8. Gene Ontology(GO):是一种对基因和基因产品进行功能注释的标准方式,包括分子功能、细胞组件和生物学过程三个方面。
9. UniProt:是整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR三个蛋白质数据库的综合资源,提供了详细的蛋白质功能注释。
以上只是生物信息学数据库的一部分,实际上还有许多其他的数据库,分别针对不同的生物信息学问题。