转录本组装与表达量计算是基因组学研究中的重要步骤。它们主要用于了解基因在不同条件下的表达情况,进而揭示基因的功能和调控机制。
1. 转录本组装:转录本组装是指通过将RNA测序数据进行拼接,构建出完整的转录本的过程。这是因为RNA测序通常只能得到基因的一部分序列,需要通过拼接才能得到完整的转录本。转录本组装的准确性直接影响到后续的表达量计算和功能注释等分析。
2. 表达量计算:表达量计算是指通过比对RNA测序数据和已知的基因或转录本,计算出每个基因或转录本的表达量的过程。表达量通常用FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)或者TPM(Transcripts Per Million)来衡量。表达量的高低可以反映基因的活跃程度,从而推断基因的功能。
总的来说,转录本组装与表达量计算是理解基因功能、调控网络和生物过程的关键步骤。然而,这两个步骤都面临着许多挑战,例如测序错误、多态性、可变剪接等问题,需要借助于各种生物信息学工具和算法来解决。