蛋白质序列同源性搜索工具，如PSI-BLAST（Position-Specific Iterative Basic Local Alignment Search Tool），是一种在蛋白质数据库中寻找与目标序列具有相似性的工具。这种工具基于一种称为局部比对的算法，能够识别出即使在进化过程中发生了一定程度变化的蛋白质之间的相似性。
PSI-BLAST的工作原理是首先将目标序列与蛋白质数据库进行一次基本的BLAST搜索，然后从搜索结果中提取出那些与目标序列有较高相似性的序列，并使用这些序列来构建一个“模型”，这个模型可以理解为描述了目标序列的一些重要特征。然后，PSI-BLAST再次在蛋白质数据库中进行搜索，但这次它使用的是先前构建的模型，而不是原始的目标序列。这样做的好处是可以发现那些在第一次搜索中可能被忽略的、与目标序列有更深层次相似性的序列。
这个过程可以反复进行多次，每次迭代都会更新模型，并且通常能够找到越来越多的相关序列。这就是为什么这种方法被称为“迭代”的原因。
PSI-BLAST和其他类似的工具对于生物学研究非常重要，因为它们可以帮助科学家们识别和分类蛋白质，预测蛋白质的功能，以及揭示蛋白质之间的进化关系。例如，如果通过PSI-BLAST找到了一个与已知蛋白质高度相似的新蛋白质，那么我们可以推测这个新蛋白质可能具有与已知蛋白质相似的功能。同样，如果两个蛋白质在PSI-BLAST搜索中的得分非常高，那么我们可以推测这两个蛋白质可能有共同的祖先，或者在进化过程中经历了相似的变化。
