生物信息学数据库是存储和管理生物数据的重要工具,这些数据包括基因序列、蛋白质结构、基因表达谱、基因组变异等。以下是一些常用的生物信息学数据库:
1. NCBI(National Center for Biotechnology Information):由美国国立卫生研究院维护的一个综合性生物信息学数据库,其中包括GenBank(基因库)、PubMed(医学文献数据库)、Protein Database(蛋白质数据库)等多个子数据库。
2. Ensembl:一个提供自动注释的基因组信息的数据库,包括基因、转录本、蛋白质、调控区段等信息。
3. UCSC Genome Browser:加州大学圣克鲁兹分校开发的一个基因组浏览器,可以查看多种物种的基因组信息,包括基因位置、转录本、SNP等。
4. KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes):日本京都大学开发的一个数据库,主要提供基因组信息、生物通路、疾病信息等。
5. PDB(Protein Data Bank):一个存储蛋白质三维结构信息的数据库,对于研究蛋白质功能和设计药物非常重要。
6. UniProt:一个全面收集、整理和分类蛋白质序列和功能信息的数据库。
7. dbSNP:由NCBI维护的一个数据库,收录了各种生物体中的单核苷酸多态性(SNP)。
8. Gene Ontology:一个对基因功能进行分类和描述的标准系统,用于统一描述基因和基因产物的功能。
9. Reactome:一个详细描述细胞生物学过程及其分子基础的数据库。
以上只是众多生物信息学数据库中的一部分,根据研究需要,科研人员可能还需要使用其他的专门数据库。