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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 iRefIndex
iRefIndex是一个生物信息学数据库,它提供了一个综合的、一致的和最新的蛋白质相互作用参考索引。这个数据库整合了多个主要的蛋白质相互作用数据库的信息,包括BIND, BioGRID, DIP, HPRD, IntAct, MINT and MIPS等。 通过收集和整理这些数据,iRefIndex为研究人员提供了一个统一的平台,使得他们可以在一个地方查询到多种来源的蛋白质相互作用信息。这对于那些需要在大量数据中寻找特定蛋白质相互作用的研究人员来说,是非常有用的工具。 此外,iRefIndex还提供了一种标准化的方式,来表示和比较不同数据库中的蛋白质相互作用信息。这有助于解决由于数据格式和表示方式的不同,导致的数据难以比较和整合的问题。 总的来说,iRefIndex是一个强大的资源,可以帮助研究人员更有效地获取和分析蛋白质相互作用信息,从而推动生物学和医学研究的发展。

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