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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 BioGRID
BioGRID(生物通用互动数据库)是一个公开的、社区驱动的生物分子相互作用数据库。它由美国冷泉港实验室和哈佛医学院的研究人员于2003年建立,旨在提供一个全面的平台,用于收集、整合和分享生物分子之间的相互作用数据。 BioGRID的主要目标是支持系统生物学研究,包括基因调控网络、信号转导通路以及蛋白质复合体的结构和功能等。为了实现这一目标,BioGRID收集了来自各种实验方法的数据,如酵母双杂交、免疫共沉淀、蛋白质晶体学等,并将这些数据整理成统一的格式,以便用户进行搜索和分析。 在BioGRID中,每一条记录都描述了一对或多对分子之间的相互作用,包括参与相互作用的分子的名称、种属信息、组织来源、细胞类型、实验方法、发表文献等详细信息。此外,BioGRID还提供了丰富的工具和接口,使得研究人员可以方便地查询、下载和可视化数据,以及与其他数据库和服务进行交互。 总的来说,BioGRID是一个非常重要的生物信息学资源,对于理解生命现象的基本原理、发现新的生物标志物和药物靶点、以及推动精准医疗等领域的发展都具有重要的价值。

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