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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 BioCyc
BioCyc是一个生物信息学数据库,它包含了大量的生物途径、基因组和代谢网络的信息。这个数据库是由SRI国际的生物建模部创建和维护的。 BioCyc数据库中包含了各种各样的生物种类,包括细菌、真菌、植物、动物以及人类等。每个物种都有一个专门的“Pathway/Genome Database”(PGDB),其中包含了该物种的所有已知代谢途径、基因组和调控网络的信息。 在BioCyc中,用户可以查询特定的基因、蛋白质或者代谢物,并查看它们在各种代谢途径中的作用。此外,BioCyc还提供了一些工具,可以帮助研究人员进行基因功能预测、通路分析和系统生物学研究。 除了基本的数据查询和分析功能外,BioCyc还提供了一些高级功能,例如比较不同物种之间的代谢途径、预测基因敲除或过表达的影响等。这些功能使得BioCyc成为了一个非常有用的生物信息学工具,对于生物学研究和药物研发等领域都有着重要的应用价值。

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