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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 Reactome
Reactome是一个开放源码、社区驱动的生物信息学数据库和知识库,它提供了生物学通路的详细描述。这些通路包括细胞信号传导、代谢、疾病机制等。Reactome的目标是为研究人员提供一个全面、准确且易于理解的途径来了解细胞过程。 Reactome的主要内容包括: 1. 生物通路:Reactome中的每个通路都是由一系列相互作用的分子事件组成,这些事件共同完成一项特定的生物学功能。这些通路被详细地描述和可视化,使得研究人员可以直观地了解各个步骤之间的关系。 2. 分子事件:Reactome中的每一个分子事件都详细描述了参与该事件的分子,以及它们如何相互作用。这些事件通常包括酶催化反应、蛋白质复合物的形成、信号转导等。 3. 基因和蛋白质:Reactome中包含了大量关于基因和蛋白质的信息,包括它们的功能、结构、表达模式等。 4. 疾病相关通路:Reactome还包含了许多与人类疾病相关的通路,这些通路可以帮助研究人员理解疾病的发病机制,并可能为开发新的治疗方法提供线索。 Reactome的数据来源于公开发表的科学研究,由一支专业的生物信息学家团队进行整理和审核。Reactome的所有内容都可以免费访问和下载,同时也提供了一系列的工具和API,方便研究人员进行数据分析和整合。

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