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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 KEGG
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个综合性的生物信息学数据库,旨在系统地分析基因功能和分子相互作用网络。它由日本京都大学的Kanehisa实验室开发和维护。 KEGG包含以下主要组成部分: 1. KEGG PATHWAY:这是KEGG的核心部分,提供了各种生物通路的信息,包括代谢途径、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程等。这些通路图是根据实验数据和文献资料构建的,并且可以进行计算机模拟。 2. KEGG BRITE:这是一个分类和超分类数据库,用于描述各种生物系统的层次结构,例如细胞组件、分子功能和生物过程。 3. KEGG MODULE:这是对生物系统中具有特定功能的模块化单位的描述,包括催化反应的酶复合物、信号转导单元等。 4. KEGG DISEASE:这个数据库收集了与人类疾病相关的基因和分子信息,以及疾病的分类和病因。 5. KEGG DRUG:这个数据库包含了药物及其相关分子的信息,如药物靶点、药效团和副作用等。 6. KEGG GENOME:这个数据库包含了各种物种的基因组信息,包括基因注释和基因组比较。 7. KEGG MEDICINE:这个数据库提供了一种基于化学-基因-蛋白质关系的药物发现和开发框架。 8. KEGG ENZYME:这个数据库包含了所有已知酶的详细信息,包括酶的名称、编号、结构、功能和反应机制等。 通过这些数据库,研究人员可以更好地理解基因和分子的功能,揭示生命现象的本质,为疾病的诊断和治疗提供新的思路。

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