创作中心
反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号:z_gqing
微信二维码:

生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 Rfam
Rfam是一个基于RNA家族的数据库,由英国韦尔科姆信托桑格研究所维护。它包含了大量已知和预测的非编码RNA(ncRNA)家族的注释和模型。 Rfam中的每个家族都有一个种子序列集合,这些序列代表了该家族的典型成员。此外,每个家族还包含一个CM( covariance model)或SEED(Stochastic Expectation Maximization for RNA AlignmEnt Evaluation Database)模型,这些模型用于识别新的家族成员。 Rfam数据库通过自动搜索公共序列数据库,如GenBank和EMBL,来更新其内容。然后,通过手动审查和注释过程,确保每个家族的准确性和完整性。 Rfam的数据可用于各种生物学研究,包括RNA结构和功能的研究,以及基因组注释和比较基因组学分析。它的数据可以通过Rfam网站直接访问,也可以通过一系列的生物信息学工具和软件进行下载和使用。

官方微信
点击收藏 编辑日记
木牛零码 Newmer生信 公司产品 意见反馈 联系我们 关于我们 招合伙-招聘-兼职
Copyright © 2021-2024 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2