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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
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Lncipedia是一个专门收集和整理长非编码RNA(lncRNA)信息的在线数据库。长非编码RNA是一类不编码蛋白质的RNA分子,它们在许多生物过程中发挥重要作用,包括基因表达调控、染色质修饰和细胞分化等。 Lncipedia是由比利时根特大学的研究团队创建的,旨在为科研人员提供一个全面、准确和最新的lncRNA数据资源。该数据库收集了来自多个物种的lncRNA序列信息,包括人类、小鼠、大鼠、果蝇和斑马鱼等。 在Lncipedia中,每个lncRNA都有一个唯一的编号和详细的注释信息,包括其序列、结构、表达谱、功能预测和相关的研究文献等。用户可以通过搜索lncRNA的名称、编号或序列来查询相关信息。 此外,Lncipedia还提供了多种工具和功能,如序列比对、表达谱分析和功能富集分析等,以帮助研究人员深入研究lncRNA的功能和作用机制。 总的来说,Lncipedia是一个非常有用的资源,对于研究lncRNA的科研人员来说是必不可少的工具之一。

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