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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 Pfam
Pfam是一个蛋白质家族数据库,它收集并分类了大量已知的蛋白质家族。这个数据库可以帮助科学家们理解蛋白质的功能、结构和进化关系。 Pfam的全称是“Protein families database of alignments and HMMs”,它是基于隐马尔科夫模型(Hidden Markov Models,HMMs)进行蛋白质家族分类的。每个Pfam条目都包含一个或多个HMM模型,这些模型可以用来识别新的蛋白质序列是否属于该家族。 Pfam数据库的内容非常丰富,包括了来自各种生物的蛋白质家族。这些蛋白质家族可能是由共享相似序列、结构或者功能的蛋白质组成的。Pfam数据库中的每一个家族都有详细的描述,包括家族的定义、成员的数量、可能的功能以及相关的文献等。 科学家们使用Pfam数据库来进行各种研究,例如预测新发现蛋白质的功能、分析蛋白质家族的进化关系、研究疾病的发病机制等。此外,Pfam数据库也被广泛用于生物信息学的教学和培训。 总的来说,Pfam是一个非常重要的生物学资源,它为全球的科学家们提供了宝贵的蛋白质家族信息,帮助他们更好地理解和利用这些重要的生物分子。

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