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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 蛋白质序列和结构数据库
蛋白质序列和结构数据库是生物信息学领域中重要的资源,它们收集并整理了大量蛋白质的序列和三维结构数据。这些数据库为研究人员提供了宝贵的信息,帮助他们理解蛋白质的功能、相互作用以及进化历程。 以下是几个主要的蛋白质序列和结构数据库: 1. UniProt:UniProt是一个综合性的蛋白质数据库,包含了经过专家审查的蛋白质序列和功能注释。它分为三个部分:Swiss-Prot(高质量的手动注释序列)、TrEMBL(自动注释序列)和UniParc(所有序列的中心存档库)。 2. Protein Data Bank (PDB):PDB是世界上最大的三维结构数据库,存储了蛋白质、核酸、复合物和其他生物大分子的实验确定的三维结构。每个结构都由一个唯一的四位数字代码标识,例如1AKE。 3. RCSB PDB:RCSB Protein Data Bank是PDB在美国的主要分销商,提供了一个用户友好的界面来搜索和浏览PDB中的结构数据。 4. NCBI Protein:NCBI Protein是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)提供的蛋白质数据库,包含了大量的蛋白质序列和相关元数据。 5. Pfam:Pfam是一个蛋白质家族数据库,通过使用隐藏马尔可夫模型(Hidden Markov Model, HMM)对蛋白质家族进行分类和注释。 6. CATH和SCOP:CATH和SCOP是两个分类蛋白质结构的数据库,它们将已知的蛋白质结构划分为不同的折叠类别和超家族。 7. STRING:STRING是一个蛋白质相互作用数据库,提供了蛋白质之间的物理和功能性相互作用网络。 8. InterPro:InterPro是一个集成数据库,整合了多个签名数据库(如Pfam和PROSITE)的注释结果,提供了一种统一的方式来描述蛋白质家族、域和功能位点。 这些数据库为研究人员提供了丰富的资源,帮助他们更好地理解和探索蛋白质世界。

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