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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
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除了我们之前提到的几个主要的基因组数据库,如NCBI、Ensembl和UCSC,还有许多其他的基因组数据库,它们各自有着不同的特点和应用领域。 1. DNA Data Bank of Japan (DDBJ):日本的DNA数据银行,是全球三大基因序列数据库之一,与NCBI和EBI共享数据。DDBJ提供了大量的核酸序列信息,包括DNA、RNA和蛋白质序列。 2. European Nucleotide Archive (ENA):欧洲核苷酸档案库,由EMBL-EBI维护。它是一个收集和存档所有类型的核酸序列数据的数据库,包括测序数据、组装的基因组、转录本等。 3. VectorBase:这是一个专门针对寄生虫和其他节肢动物的基因组数据库,特别关注疟疾、丝虫病和登革热等疾病的传播媒介。 4. FlyBase:这是果蝇(Drosophila melanogaster)的模型生物数据库,包含了关于果蝇基因组、基因表达、发育和遗传变异的信息。 5. WormBase:线虫(Caenorhabditis elegans)的模型生物数据库,提供了关于线虫基因组、基因功能、发育和表型的数据。 6. ZFIN:斑马鱼(Danio rerio)的模型生物数据库,包含了关于斑马鱼基因组、基因表达、发育和遗传变异的信息。 7. Gramene:专注于草类植物基因组学的研究,特别是粮食作物和能源作物,如水稻、小麦、玉米和甘蔗。 8. Arabidopsis Information Resource (TAIR):拟南芥(Arabidopsis thaliana)的模型生物数据库,提供了关于拟南芥基因组、基因功能、发育和表型的数据。 这些数据库都是研究基因组学的重要资源,可以为科学家提供大量的信息和工具,帮助他们理解和解析基因组的功能和结构。

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