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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 EMBL-EBI基因组资源
EMBL-EBI基因组资源是由欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute,简称EMBL-EBI)提供的一个全球性的基因组数据和分析工具的集合。这个资源是免费开放给所有科研人员使用的,旨在促进基因组研究的发展。 EMBL-EBI基因组资源主要包括以下几个方面: 1. 数据库:包括DNA序列、蛋白质序列、基因表达、结构生物学、功能注释等多个领域的数据库。例如,Ensembl是一个整合了多种基因组和转录本注释的数据库,UniProt则是一个提供全面蛋白质信息的数据库。 2. 工具:提供了大量用于基因组数据分析的工具,如比对工具、注释工具、可视化工具等。这些工具可以帮助研究人员处理大规模的基因组数据,进行深入的分析。 3. 服务:EMBL-EBI还提供了许多专业服务,如数据提交、数据检索、数据存储等。此外,EMBL-EBI还为科研人员提供了丰富的培训资源,帮助他们更好地使用这些数据和工具。 总的来说,EMBL-EBI基因组资源是一个非常重要的基因组研究平台,对于推动全球范围内的基因组研究具有重要意义。

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