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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 UCSC基因组浏览器
UCSC基因组浏览器是由加州大学圣克鲁兹分校开发的一款在线工具,用于查看和分析基因组数据。它提供了一个交互式的界面,允许用户浏览、搜索和下载大量的基因组数据,包括DNA序列、基因、转录本、蛋白质、调控元件等。 UCSC基因组浏览器的主要特点包括: 1. 数据丰富:UCSC基因组浏览器包含了多种物种的基因组数据,如人类、小鼠、大鼠、果蝇、斑马鱼等。此外,它还提供了大量的注释信息,如基因结构、表达谱、变异位点、调控元件等。 2. 功能强大:UCSC基因组浏览器提供了多种功能,如序列比对、BLAST搜索、基因注释、基因组可视化等。这些功能可以帮助用户深入分析基因组数据。 3. 界面友好:UCSC基因组浏览器的界面简洁明了,操作方便。用户可以通过拖拽、缩放等方式查看基因组数据,也可以通过搜索框快速查找特定的信息。 4. 开放源码:UCSC基因组浏览器的源代码是公开的,用户可以根据自己的需求进行修改和扩展。 总的来说,UCSC基因组浏览器是一个非常强大的基因组数据分析工具,对于生物学家和医学研究人员来说是非常有用的。

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