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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 Ensembl
Ensembl是一个开放源码的生物信息学项目,由欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)和威康桑格研究所共同维护。它的主要目标是为科学家提供一个全面、最新的基因组注释和比较基因组学数据的平台。 Ensembl的核心功能包括基因识别、基因结构预测、蛋白质编码、非编码RNA的识别和注释等。它提供了大量的基因和蛋白质的功能信息,以及基因在不同物种之间的同源性信息。此外,Ensembl还提供了强大的数据查询和分析工具,如BLAST、BlastView、VEP等。 Ensembl数据库覆盖了大量物种的基因组,包括人类、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、斑马鱼、鸡、狗、猪、牛、兔、猫、猴、骆驼、袋鼠、鸭嘴兽等多种模式生物和重要经济动物。对于每个物种,Ensembl都会提供详细的基因组注释信息,包括基因的位置、结构、表达水平、功能注释等。 总的来说,Ensembl是一个非常重要的生物信息学资源,对于生物学研究,特别是基因组学和转录组学研究具有极大的价值。

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