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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 RefSeq
RefSeq是NCBI(美国国家生物技术信息中心)维护的一个数据库,全称为“Reference Sequence”,它提供了一组经过精心挑选和注释的基因、转录本和蛋白质序列。这些序列来自各种生物体,包括人类、其他动物、植物、微生物等。 RefSeq的目标是为科学研究提供一个权威的、高质量的参考序列集合。这些序列基于实验数据和计算分析,并经过专家评审。因此,它们在基因结构、编码蛋白质的序列等方面具有高度准确性和完整性。 RefSeq中的每个序列都有一个唯一的 accession number,这个号码可以用来在NCBI的各个数据库中查询和引用该序列。此外,RefSeq还提供了丰富的元数据,如序列的功能描述、来源物种的信息、相关的文献等。 由于其权威性和全面性,RefSeq被广泛用于生物学研究,例如基因功能研究、进化分析、疾病相关基因的研究等。同时,RefSeq也为基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域的研究提供了重要的参考资源。

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