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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 GenBank
GenBank是一个由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护的分子生物学数据库,主要存储DNA和RNA序列数据。它是国际核酸序列数据库合作的一部分,与欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank和日本的DDJB(DNA Data Bank of Japan)紧密合作,共同分享和交换数据。 GenBank中的数据来自多个来源,包括直接提交、大规模测序项目、其他数据库的导入以及通过文献提取的序列。这些数据涵盖了所有生物种类,从病毒到人类,包括基因组、转录本、蛋白质编码区和非编码区等。 GenBank提供了一个公开的平台,科学家可以在这里提交、检索和分析序列数据。用户可以通过多种方式搜索GenBank,例如使用关键词、序列比对或者基于位置的查询。此外,GenBank还提供了丰富的元数据,如序列的来源、功能注释、同源性信息等,以帮助研究人员理解和解释他们的数据。 GenBank的数据对于许多领域的研究都非常重要,包括进化生物学、遗传学、医学、农业和环境科学等。通过比较不同物种之间的基因序列,科学家可以了解基因的功能、演化历程以及它们在生物体内的调控网络。此外,GenBank的数据也为疾病诊断、药物研发和个性化医疗等领域提供了关键的信息。

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