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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
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基因组学数据库是一种用于存储和分析基因组数据的数据库。它们包含了各种生物体的基因组序列信息,以及其他相关的生物学信息,如基因功能、蛋白质结构和基因表达模式等。这些数据库为科学家提供了宝贵的信息资源,使他们能够更好地理解基因的功能及其在生命过程中的作用。 基因组学数据库通常由专业的研究机构或组织建立和维护。一些著名的基因组学数据库包括GenBank、Ensembl和NCBI Gene等。这些数据库提供了多种工具和接口,使得用户可以方便地搜索、查询和下载数据,并进行各种类型的分析。 基因组学数据库的应用非常广泛,涵盖了遗传学、分子生物学、生物医学等多个领域。例如,在疾病研究中,基因组学数据库可以帮助研究人员发现与疾病相关的基因变异;在药物研发中,基因组学数据库可以提供关于潜在药物靶点的信息。因此,基因组学数据库是现代生物学和医学研究中不可或缺的重要资源。

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