创作中心
反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号:z_gqing
微信二维码:

生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 Biopython
Biopython是一个开源的生物信息学工具包,主要用于处理和分析生物学数据。它是Python编程语言的一个扩展库,提供了丰富的函数和类,可以方便地进行序列比对、蛋白质结构预测、基因组分析等工作。 Biopython的主要功能包括: 1. 序列操作:Biopython提供了Seq和SeqRecord两个主要的类来处理DNA、RNA和蛋白质序列。可以通过这些类来创建、编辑、搜索和转换序列。 2. 数据库访问:Biopython提供了对NCBI、Ensembl等数据库的接口,可以直接从这些数据库中获取序列数据。 3. 序列比对:Biopython集成了ClustalW、 muscle等多种序列比对工具,并提供了相应的接口。 4. 结构预测:Biopython包含了对蛋白质二级结构预测的支持,可以使用DSSP、PHD等工具进行预测。 5. 文档生成:Biopython提供了一个名为Bio.SeqIO的模块,可以将序列数据导出为各种格式,如FASTA、GenBank等。 6. 生物统计:Biopython提供了丰富的统计功能,可以进行序列频率分析、距离矩阵计算等。 7. 进化分析:Biopython包含了对进化树构建、系统发育分析的支持。 总的来说,Biopython是一个非常强大的生物信息学工具包,无论你是初学者还是专业人士,都可以通过它来轻松地处理和分析生物学数据。

官方微信
点击收藏 编辑日记
木牛零码 Newmer生信 公司产品 意见反馈 联系我们 关于我们 招合伙-招聘-兼职
Copyright © 2021-2024 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2