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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
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Perl是一种高级的、通用的、解释型、动态的编程语言。它最初由拉里·沃尔(Larry Wall)在1987年开发,旨在处理文本文件,特别是那些包含许多特殊字符和模式的文件。 Perl的设计理念是“有一千种方法可以做一件事”,这使得它非常灵活和强大。Perl支持多种编程范式,包括面向过程、面向对象和函数式编程。它的语法吸收了许多其他语言的特点,如C、awk、sed、shell等。 Perl有一个强大的正则表达式引擎,使得它在处理文本数据时特别有效。此外,Perl还提供了丰富的内置函数和模块,可以方便地进行文件操作、网络通信、数据库访问等任务。 Perl广泛应用于系统管理、Web开发、生物信息学等领域。CGI(Common Gateway Interface)脚本是Perl最常见的应用之一,它允许Web服务器动态生成内容。 尽管Perl在20世纪90年代和21世纪初非常流行,但随着Python和Ruby等其他动态语言的崛起,Perl的使用率有所下降。然而,Perl仍然有一个活跃的开发者社区,并且仍在不断发展和改进。

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