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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
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Jalview是一款用于多序列比对和分析的开源软件。它是由英国爱丁堡大学的Jim Procter博士和他的团队开发的。 Jalview提供了一个用户友好的界面,使得科研人员可以方便地进行蛋白质和核酸序列的比对、分析和编辑。它支持多种格式的序列文件,包括FASTA、Clustal、Phylip等,并且能够直接从NCBI、UniProt、Ensembl等数据库导入序列。 在Jalview中,用户可以查看序列的比对结果,通过颜色编码来显示序列之间的相似性和差异性。此外,Jalview还提供了丰富的分析工具,如计算序列的物理化学性质、预测二级结构、构建系统发生树等。 Jalview的一个重要特性是其集成的 Jalview Desktop 应用程序,它允许用户在本地计算机上安装并使用 Jalview,无需网络连接。此外,Jalview还有一个基于Web的版本,用户可以通过浏览器访问并使用Jalview的功能。 总的来说,Jalview是一个强大的生物信息学工具,广泛应用于分子生物学、生物化学、遗传学等多个领域。

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