MAFFT是一款用于蛋白质和核酸序列比对的软件。它是"Multiple Alignment using Fast Fourier Transform"的缩写，由日本京都大学的Katoh等人开发。
MAFFT使用了快速傅立叶变换（FFT）的方法来进行多序列比对，这种方法在处理大量序列时具有较高的效率。除此之外，MAFFT还提供了一些其他算法，如NW-NS-i、L-INS-i等，这些算法在处理较小规模的序列比对或者需要高精度比对的情况下更加适用。
MAFFT的操作界面简洁明了，用户可以根据自己的需求选择合适的比对方法和参数。同时，MAFFT也支持多种输入格式，包括FASTA、ClustalW、Phylip等，使得数据的导入和导出变得更加方便。
除了基本的序列比对外，MAFFT还提供了一些额外的功能，如删除重复序列、插入缺失字符、计算距离矩阵等，这使得MAFFT成为一款功能强大的序列比对工具。
总的来说，MAFFT是一款高效、灵活、易用的序列比对软件，广泛应用于生物信息学、分子生物学、遗传学等领域。
